流放之后，刘鹗在迪化（今乌鲁木齐）一座寺庙的戏台下靠行医度日，像极了他书中那个老残。一年后，刘鹗在迪化病故，年仅52岁。

与刘鹗合作研究过甲骨的罗振玉认为，刘受雇于外国人，虽然自己爱惜主权，但已经难以洗脱罪名。1918年罗振玉终于有机会亲见安阳殷墟，那一日的日记中他对殷墟见闻寥寥几笔带过，数十页的篇幅是触景生情，追忆引自己走上甲骨研究的刘鹗，还在其所作《刘铁云传》中，评价刘鹗不是“规行矩步”之人。

1908年，刘鹗被袁世凯下令逮捕，流放新疆，罪名同时包括当年受到称赞的“私购太仓粟”和受到非议的“帮洋买地”

1903年，《铁云藏龟》出版同年，刘鹗还发表了自己另一部传世作品——小说《老残游记》。书中主角“老残”是个穷困潦倒的江湖郎中，一边开业治病，一边观察时局，抨击革命党人和官场清流。刘鹗本想以“老残”自喻，实现自己云游四方、教养天下的理想，没想到竟预言了自己的结局。

他超前的“招商引资”思路，被认为在爱国与卖国之间暧昧不明。但刘鹗以所赚资本确实做过善事。1900年，北京粮仓被八国联军占领，居民面临断粮危险。刘鹗携巨资从沪抵津，向联军购粟来赈济百姓。

按照刘鹗的观点，国家没钱，不如将资源由外资开发，30年后归还即可。可是福公司投资的几处矿产中，外商利润分成都高达50%，合同则长达60年；同时所得外债，既无利息，也无还款期限，时人认为与卖矿无异，刘鹗终被革去官职。

作为当时的“弄潮儿”，刘鹗出任英资福公司（The Peking Syndicate）的在华经理，为外商买办山西煤矿的开采权

刘鹗的人生进退伴随着清朝洋务运动的兴衰。他早年科举不利，转而行医经商，直到31岁，胡适所说的“河工”才助他走上仕途。1888年黄河决口，31岁的刘鹗前往山东协助治河，声名鹊起。再加上他精通西学洋务，著述颇丰，便被保荐到总理各国事务衙门，即“外务部”的前身任职。

翁同龢所骂刘鹗，就是甲骨学史上赫赫有名的刘鹗。他上承国子监祭酒王懿荣所藏，收集甲骨超过5000片，之后与罗振玉合作辑录《铁云藏龟》。然而，承包工程、行贿军机大臣，这等事又可见刘鹗绝不是个书斋先生

胡适曾评价刘鹗：“一生有四件大事：一是河工，二是甲骨文字的承认，三是请开山西矿，四是贱买太仓的米来赈济北京的难民。”这些却仍非全部。