自北平南下时，陈寅恪曾将书籍包好托人寄往长沙，当时交通不便，他到长沙，书尚未到。他迁往云南后，书籍寄到长沙的亲戚家，不想亲戚之后也逃难，亲戚的房子和他的书籍一并焚毁于1938年11月长沙“文夕大火”之中。而他从香港赴蒙自时，两大木箱的中外图书由他人代交滇越铁路转运，途中又被人用装了石头的木箱调包。那里面最为珍贵的，是他曾用蝇头小楷在书眉详录有关资料及心得的批注本，包括有关蒙古史、佛教史和古代东方的书籍。这些眉注本的散佚，相当于抹杀了他许多几近完成的著作。唐筼记得，陈寅恪为此“有一个时期几乎得精神病”。
