( 6月4日，日本参、众两院全体会议举行首相指名选举，民主党代表菅直人（左）当选第94任首相 )

6月4日，鸠山由纪夫在内阁会议上接受所有内阁大臣的辞呈，并宣布内阁总辞职。同一天，日本民主党举行党代表（即党首）选举，在鸠山内阁中担任副首相兼财务大臣的菅直人成功当选民主党新党首，随后通过国会参、众两院首相指名选举，顺利继任日本首相。

曾当选过日本众议院议员的耶鲁大学副教授斋藤俊告诉本刊记者：“鸠山下台，最主要的因素是普天间问题。”北京大学国际关系学院的教授梁云翔告诉本刊记者，鸠山之所以在普天间问题上遭诟病，“一是因为他竞选时说大话，却又不能遵守承诺。实际上普天间问题在自民党执政时已尘埃落定，如果不是他主动挑起，根本不会出现今天的局面。二是这件事反映了他的领导能力很差，执政的2/3时间都在处理普天间问题，最后却还是失分。其他方面，经济没有明显起色，刺激消费、改善民生的政策说易行难，尚需时间验证；亚洲政策也没有得分，创建东亚共同体的口号十分空洞”。日本上智大学副教授中野晃一也向本刊记者分析：“毫无疑问，在许多日本人眼中，鸠山处理问题的方式显示了他缺乏判断力、做事犹豫不决。他在高速公路调整收费的问题上也摔了跟头。”

63岁的菅直人在鸠山内阁任副总理大臣、国家战略大臣，兼任财务大臣、众议院议员，是鸠山政府的第二号人物。1980年，他作为当时的社会民主联合候选人首次当选众议院议员，1996年与鸠山一道组建前民主党，后于1998年组建现在的民主党并出任首任党代表，2003年又促成民主党与当时小泽一郎领导的自由党合并，现任民主党代表代行（相当于党副主席）。菅直人曾于1996年1月在桥本龙太郎内阁中担任厚生大臣，当时日本发生了血液制品引发艾滋病的事件，他上任后立即彻查事件的来龙去脉，公开厚生省此前刻意隐瞒的报告及有关资料，深得民心。